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Michael Scofield ist ein erfolgreicher Ingenieur, doch er ist verzweifelt. Sein Bruder Lincoln Burrows wurde eines schrecklichen Mordes schuldig gesprochen und sitzt nun in der Todeszelle des Fox River Staatsgefängnisses. Trotz der erdrückenden Beweislage gegen Lincoln ist Michael von der Unschuld seines Bruders fest überzeugt. Michael sieht keinen anderen Ausweg mehr und entschließt sich zu einem waghalsigen Ausbruchsversuch. Notgedrungen überfällt Michael also eine Bank und wird kurzerhand in dasselbe Gefängnis gesteckt, in dem sein Bruder sitzt. Zusammen wollen die beiden nun Ausbrechen und die Unschuld von Lincoln beweisen. Pikanterweise verdient sich Michael mit dem Bau von Gefängnissen seinen Lebensunterhalt, was dazu führt, dass er die gesamten Pläne des Fox River besitzt..

Staffel 13 setzt an der Handlung um Der Ruf an. Gibbs wird in einer OP durch den Chirurgen Cyril Taft das Leben gerettet. Das Trauma belastet ihn aber später weiter, so dass es sich physisch manifestiert, wodurch der sonst kerngesunde Gibbs sich genötigt sieht sich Cyril Taft anzuvertrauen. Zur Mitte der Staffel beginnt Eleanor Bishops Ehe zu kriseln, da ihr Mann eine Affäre hatte. Auch das Privatleben von Ducky rückt in Folge 11 ins Rampenlicht. Man erfährt von seiner Vergangenheit in England und von seinem tot-geglaubten Halbbruder Nicholas. Am Ende der Staffel verlässt DiNozzo das Team, da er sich um seine Tochter Tali kümmern muss, deren Mutter Ziva am Ende der Staffel scheinbar getötet wurde. Auch Fornell wurde bei dem Fall, der MI6, CIA, FBI und NCIS beschäftigt, schwer verletzt.