Prison Break

Dem Zuschauer wird der Eindruck vermittelt, DiNozzo würde mit seinem Auto fahren. Dieses Auto explodiert auf offener Straße. Das NCIS-Team, das die Aktion beobachtet hat, geht zunächst davon aus, dass DiNozzo bei der Explosion getötet wurde. Die ersten Untersuchungen weisen darauf hin, dass tatsächlich DiNozzo in diesem Auto saß. Erst der Gerichtsmediziner Mallard findet bei der Obduktion heraus, dass es sich bei der Leiche nicht um DiNozzo handeln kann. Wenig später taucht DiNozzo im NCIS-Büro wieder auf. Die Jagd auf den Waffenhändler Grenouille beginnt. Er taucht in Shepards Haus auf und bittet um Schutz, der ihm verweigert wird. Am Ende der Folge wird die Leiche von Grenouille im Wasser gezeigt, jedoch erfährt das NCIS-Team zunächst nichts von dessen Tod. Erst in der Folge Lang lebe die Königin ermittelt das FBI innerhalb des NCIS wegen des Mordes an Grenouille. Verdächtigt werden unter anderem die Direktorin, DiNozzo und auch Benoit, die aus Südafrika zurückkehrt. Durch den CIA-Agenten Trent Kort werden die Ermittlungen beendet. Gibbs verdächtigt weiterhin Shepard, da er eine Patronenhülse ihrer Waffe mit dem Ballistikbericht verglichen hat. Im weiteren Verlauf erfahren die Zuschauer, dass Shepard unheilbar krank ist. In den letzten beiden Folgen der Staffel ermittelt Shepard mit Franks in einem weit zurückliegenden Fall, der sich um den Oshimaida-Code dreht. Nachdem Shepard in einem verlassenen Diner in der Wüste bei einem Schusswechsel getötet wird, nimmt der stellvertretende Direktor des NCIS, Leon Vance, die Ermittlungen auf. Gibbs wird in den Ermittlungen auf Abstand gehalten, nimmt allerdings Kontakt zu Franks auf, der ihn über die Ereignisse informiert. In Shepards Haus wird die Auftragsmörderin von Franks getötet. Um die Leiche verschwinden zu lassen, wird anschließend das Haus in Brand gesteckt. Dies wird später genutzt, um vorzutäuschen, dass Jenny Shepard in ihrem Haus umgekommen sei. Die wahren Ereignisse werden geheim gehalten. Zum Ende der Folge wird Leon Vance zum neuen Direktor des NCIS und versetzt DiNozzo, David und McGee auf neue Positionen. Gibbs erhält ein neues Team.

Am Anfang von Staffel 14 stoßen Nick Torres und Alex Quinn zum Team. Tobias Fornell ist während der ganzen Staffel bei Gibbs zuhause infolge seiner Schusswunden am Ende von Staffel 13. Zum Ende der Staffel leiten Gibbs, McGee und Torres eine Rettungsmission für zwei Navy-Soldaten in Paraguay. Die Rettungsmission, bei denen auch Kinder gerettet werden, wird erfolgreich durchgeführt und der ARC wird fast besiegt. Gibbs und McGee bleiben zurück, damit die Anderen fliehen können. Dies dient als Cliffhanger zu Staffel 15.