Naval Criminal Investigative Service 09

Zu Beginn der neunten Staffel wird die Zeit zwischen Ende der achten und Beginn der neunten Staffel aus Sicht von DiNozzo zusammengefasst: Er war auf einer Geheimmission, die er vom neuen SECNAV erhalten hatte. Dabei wurde ein weiteres Mitglied aus E. J. Barretts Team getötet. Barrett selbst tauchte unter. Im weiteren Verlauf der Staffel wird erneut die Vergangenheit von Gibbs durchleuchtet. Hierbei werden besonders seine erste und verstorbene Frau und Tochter thematisiert. Zudem reist Gibbs nach Afghanistan. Gibbs und sein Team jagen am Ende der Staffel über einige Episoden den Terroristen Harper Dearing. Dieser hat mehrere Anschläge auf Schiffe der Navy verübt und später eine Bombe in das Auto von Director Vance eingebaut. Diese explodiert später direkt vor dem Hauptgebäude des NCIS. Diese Szene und die folgende, in der Dr. Mallard telefonisch von dem Bombenanschlag erfährt und daraufhin einen Herzinfarkt erleidet, sind der Cliffhanger zur nächsten Staffel.