Naval Criminal Investigative Service 08

Michael Scofield ist ein erfolgreicher Ingenieur, doch er ist verzweifelt. Sein Bruder Lincoln Burrows wurde eines schrecklichen Mordes schuldig gesprochen und sitzt nun in der Todeszelle des Fox River Staatsgefängnisses. Trotz der erdrückenden Beweislage gegen Lincoln ist Michael von der Unschuld seines Bruders fest überzeugt. Michael sieht keinen anderen Ausweg mehr und entschließt sich zu einem waghalsigen Ausbruchsversuch. Notgedrungen überfällt Michael also eine Bank und wird kurzerhand in dasselbe Gefängnis gesteckt, in dem sein Bruder sitzt. Zusammen wollen die beiden nun Ausbrechen und die Unschuld von Lincoln beweisen. Pikanterweise verdient sich Michael mit dem Bau von Gefängnissen seinen Lebensunterhalt, was dazu führt, dass er die gesamten Pläne des Fox River besitzt..

In der ersten Folge und über mehrere Folgen der Staffel hinweg versuchen Gibbs und Fornell den Verantwortlichen zu finden, der Fornells Tochter Drogen verabreicht hat; jene verstirbt im Laufe der Staffel. Zwischenzeitlich wird bekannt, wie sich Gibbs und Ducky kennenlernten, als eine Leiche im Keller des Navyyards auftaucht. Der Verantwortliche kann gefunden werden. In der achten Folge führt ein Fall das Team nach Afghanistan, als Sloane von der Vergangenheit eingeholt wird. Am Ende der Folge verabschiedet sie sich vom Team, um die Möglichkeiten für Bildung von Frauen zu verbessern. Später wird Gibbs von Vance suspendiert, als ersterer einem Täter gegenüber ziemlich handgreiflich wird und diesen fast krankenhausreif prügelt. Daraufhin übernimmt McGee die Leitung. Gibbs wiederum wird in einem Diner von der Investigativjournalistin Marcie Warren angesprochen und untersucht mit ihr ungeklärte Mordfälle. Im Staffelfinale wird bekannt, dass Bishop NSA-Akten geleakt hat, weswegen sie sich vom Team verabschiedet. Allerdings spricht sie sich noch mit Torres aus, wobei es zu einem Kuss kommt. Danach spricht sie mit der Agentin Odette, welche ihr eine Undercovermission anbietet, jedoch muss laut ihr noch eine Sache getan werden. Unterdessen hat Gibbs sein Boot fertiggestellt und es auf den Namen „Rule 91“ getauft. Als er mit diesem unterwegs ist, explodiert es jedoch urplötzlich. Kurzzeitig treibt er bewusstlos im Fluss, dann wacht er wieder auf und schwimmt davon. Dies bildet den Cliffhanger zur 19. Staffel.